Źródło jonów MC-NSICS wytwarza prąd jonów ¹²C^- o natężeniu do 100 mikroamperów. W źródle, atomy węgla są rozpylane z powierzchni katody przez jony cezu. Atomy cezu pochodzące z rozgrzanego (ok. 190°C) zbiorniczka z cezem, docierają do centrum źródła, gdzie łatwo tracą elektrony w silnym polu elektrycznym w pobliżu gorącej powierzchni jonizatora. Konfiguracja pola elektrycznego ogniskuje wiązkę jonów cezu Cs⁺ na obszarze o średnicy 0.5mm na powierzchni katody. Rozpylone atomy węgla przyłączają swobodne elektrony, ładują się ujemnie, i są wyciągane ze źródła. Dodatkowa elektroda służy ogniskowaniu wiązki jonów. Większość wytworzonych jonów ma ładunek pojedynczego elektronu (¹²C^-, ¹³C^- i ¹⁴C^-) i energię ok. 50keV.

Wnętrze źródła jonów. Katody umieszczone są na obwodzie tarczy. W danym momencie, w pozycji aktywnej znajduje się jedna katoda, widoczna przez otwór w środku jonizatora